En la organización nacional de la Alianza Cristiana y Misionera de Chile, la Junta Ejecutiva es el directorio de la Iglesia Nacional y a quien le corresponde la dirección superior de los asuntos de esta entidad, debiendo velar por el buen funcionamiento de ella y de cada uno de sus departamentos, administrar los bienes sociales e invertir sus recursos, todo ello con el propósito de que los fines que dieron origen a esta Iglesia se cumplan.

Este directorio, que dura tres años en sus cargos, está conformado por siete miembros que son elegidos en una asamblea anual denominada “Junta General”. Cada año, esta Junta Ejecutiva debe rendir cuentas en la Junta General acerca de la marcha de la iglesia y de la inversión de sus fondos.